miRNA诱导的基因沉默主要有两种作用模式：
1. 翻译抑制：miRNA与靶mRNA不完全互补，导致miRNA在蛋白质翻译水平上抑制靶基因表达。在哺乳动物中，这种模式比较普遍。miRNA与靶mRNA的部分种子序列互补，与AGO蛋白相互作用，导致mRNA的翻译过程被抑制 。
2. mRNA的降解：如果miRNA与靶位点完全或几乎完全互补，这些miRNA的结合往往引起靶mRNA的降解。这种模式在植物中比较常见，miRNA的结合位点通常位于mRNA的编码区或开放阅读框中 。
此外，还有研究表明miRNA可能影响基因启动子的CpG岛甲基化作用，在转录水平直接对靶基因进行调控作用，这构成了miRNA的第三种作用模式 。
miRNA的调控网络非常复杂，一个miRNA可以调控多个基因的表达，也可以通过几个miRNA的组合来精细调控某个基因的表达 。
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